[转帖]Vector NTI Suite使用简介

作者：宋厚辉

Vector NTI Suite是一套功能强大、界面美观而又友好的分子生物学应用软件包。它主要包括四个组件，分别对DNA、RNA和蛋白质进行各种分析和操作。
一、Vector NTI 作为Vector NTI Suite的核心组成部分，它可以在各种分子生物学研究项目的全过程中提供数据组织、编辑和分析支持。
（一）对分子序列的操作 我们以一个DNA序列为例，进行一系列的常规分析；最后将此DNA序列翻译成氨基酸序列，并对此氨基酸序列进行各种分析。 A，DNA序列为猪生长激素的cDNA序列，长为761bp。首先使用Vector NTI的Create New命令将此序列导入到Vector NTI的数据库中：
1，第一种方法：如果只知道序列时，点击Molecule才菜单中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；
2，在出现的“New DNA/RNA Molecule”对话框中，首先在General填入导入序列的名称——PGH；
3，在DNA/RNA Molecule活页中，选中Linear DNA， Animal/other Eukaryotes，Replicon Type中选Chromosome；
4，Description中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;
5，在Sequence and Maps中点击“Edit Sequence”按钮，将DNA序列复制后，点“Paste”按钮-点“OK”－确认后就可以完成序列导入。 B，如果是一个从GenBank上下载的序列文件，则：点击 “Molecule” 菜单-Open-Molecule files命令，找到序列文件，在File format中选中GenBank Files；点击OK。
（二）常规操作：
当序列导入完成后，在桌面出现三个窗口，上左侧的窗口中显示的是该序列的常规信息，上右侧窗口则以图形的格式展示序列的特征区及酶切图谱等。下面一个窗口显示的是序列：默认状态下以双链形式出现，也可以更改为单链显示。
1．选择序列区域：在图形区域或序列区域直接拖动鼠标左键，同时在最下端的状态栏中显示出所选区域的范围。
2．删除：选中后直接点击键盘上的Delete键，确认后即可删除。
3．选中序列片段后，点击Edit菜单，用其中的命令可以完成对此片段的剪切、复制、删除、定义为新的特征区和用其它序列来代替等。
4．当点在其一特定位置时，我们也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as
5．当希望序列显示单链时，点击View – Show Both Strands
（三）常规分析：
1．设计PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes： 选中设计引物的模板区或点击Analyze中的相应命令即可。 需要注意的是，在设计前，首先得将序列存入数据库中，具体设计由于我们推荐使用Oligo，所以此处不详述。
2．序列基本信息分析： 选中序列区段后，选Analyze – Oligo Analysis, 在Oligo Analysis对话框中，点击Analyze按钮，即可得到分子量、GC含量、Tm值、3‘端的自由能、回文结构及重复序列等基本信息。
3．酶切图谱分析 点击Analyze菜单中Restriction Sites命令，出现“Restriction Map Setup”对话框，点击Add按钮，填入需要分析的位点，不需要的位点夜可以选中后点Remove按钮移除。为了显示正确，我们可以设定超过一定位点数量的酶不显示，可以限定分析的区域等。点击OK后程序自动完成酶切分析。
4．Motif查找 点击Analyze菜单中的Motifs命令，在出现的Motifs Setup对话框中我们可以添加新的Oligo或从Oligo Database和Oligo List中选取；选中后点击OK按钮，程序完成Motif的查找，同时给出相似性的百分比。
5．ORF查找 点击Analyze菜单中的ORF命令，在出现的ORF Setup对话框中，填入ORF的最小长度（多少个密码子）以及其它一些设定后点击OK，程序自动完成ORF的查找。
6．翻译 翻译前选中一个ORF或一个区域，这里我们希望把pGH cDNA基因完全翻译成蛋白质，因此选中最长的一个ORF（7－657bp）。点击Analyze菜单中的Translate命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出现的“New Protein Molecule”对话框中给出新蛋白质的名称后点击确定，程序完成翻译并打开一个新的窗口，显示氨基酸序列。
7．反翻译 选中氨基酸序列片断，点击Analyze菜单中的BackTranslate命令，确认是“整个序列”还是“仅为选中的序列”后，即可设定简并度及组织特异性来完成反翻译。
（三）模拟电泳：
模拟电泳是指对DNA片段进行酶切分析后，通过电脑模拟电泳过程，将酶切片段分离。该功能有利于评估电泳时间，便于验证实际电泳结果的好坏。
1．点击Gel菜单 – Create New命令：出现Gel Setup对话框，首先选择电泳介质的类型－“Agarose Gel”，以及胶的浓度、电压、胶长和Buffer种类。
2．点击OK后即打开一个电泳界面，左侧是对电泳情况的描述，右侧则为胶板。
3．首先配置一个Marker：点Gel菜单 – Create Gel Marker, 出现New Gel Marker对话框, 首先输入Marker的名称：pGH-Marker，在Gel Marker活页中输入自己设定的片段，100，200，300，400，500，600，1000bp,点击确定。4．样品制备：点Gel菜单 – Create Gel Sample命令出现Create Gel Sample对话框，选择来源分子SSPGH，选中AvaI和SmaI两个酶，输入Sample的名称SSPGH- AS。此时我们可以把酶切的片段直接加入到胶上，也可以加入到样品列表中或保存为Marker，我们点击Add to Gel，则在胶上出现1号样品。
5．点Marker到胶中：点击第二行工具栏中的Add Marker Lane图标，出现Choose Database Gel Marker对话框，选中pGH - Marker，点击OK，则Marker出现在2道
6．电泳：用鼠标点击右侧窗口激活胶板，点击第二栏工具栏中的双箭头，开始电泳，同时在旁边显示电泳时间，再次点击双箭头，电泳停止。
7．计算两条带分开时间：选中没有分开的条带，点工具栏中的计算器Calculate Seperation Time，即可得到所需信息。
8．导出胶图：激活胶板，点击工具栏中的Camera工具,出现Camera对话框,选中需要导出的选项，结果可以到剪贴板，也可以保存成文件。到剪贴板后就可以在Word等文档编辑器中粘贴。
（四）图形操作 对于图形展示的序列信息，我们可以对图形进行各种修饰和改动，并最终导出需要的图形，如果序列是质粒，则可得到质粒图谱。 我们还是以SSPGH序列为例：
1．激活图形栏，点击工具栏中的Edit Picture。此时，点击任意一个需要改动的组件，则鼠标变为四方向箭头，按住左侧则可以任意拖动其位置。
2．点击左键，选中Properties命令，则在Properties对话框中可以改变文字，字体，连线的粗细和颜色。
3．对于特征序列，我们还可改变其填充方式，箭头方向等。
4．加入注释：点击工具栏中的回形针按钮，出现Annotation对话框，输入注释文字（支持中、英文），如：“这是一个测试Sequence”。点击确定后，文字就出现在图示窗口中，同样可以改变其位置、字体、颜色等。 5．修改完成后，点工具栏中的命令，同样可以到剪贴板或文件。
二、组件AlignX 运行AlignX后出现四个窗口，从上到下，从左到右分别为序列信息窗口，进化树窗口，同源比较图示窗口和序列比较窗口。对于同源比较可以分为两类：一类是两个或几个序列（包括DNA/RNA和蛋白质序列）的比较，此时仅限于比较序列的相似性；另一类则是多个序列间的比较并得出系统进化树。
（一）导入外源序列的方法：点击Project菜单中Add Files命令，选择需要比较的序列文件，点击打开按钮，确认是DNA/RNA还是Protein Sequence后，点击Import按钮就可以完成序列的导入任务。
（二）我们以程序本身提供的演示Project来讲述AlignX的使用：
1．选择Project菜单Open命令，找到Vector NTI的Demo Projects文件夹，打开DNA.apr文件；
2．在文本窗口中，使用鼠标左键双击任一文件名，就可以得到该文件的所有基本信息；
3．建立一个新的比较策略并进行比较： ①在文本窗口中，按住Ctrl键选中四个序列：AF×××× ②点击Alignment菜单中Alignment Setup命令，出现Alignment Setup对话框，在此对话框中有30个选项来确定最终比较结果展示方式，这里我们使用默认值即可。 ③点击Alignment菜单中的Align Selected Sequence命令，片刻后程序完成比较并给出结果和进化树； ④在View菜单中，我们可以通过Edit Alignment命令来编辑比较结果，使用Display Setup命令来改变结果的展示方式和颜色等。
4．结果的导出： ①进化树的导出：激活进化树窗口，点击工具栏中的Export Tree按钮即可将进化树保存为.Ph文件，并可被其他树编辑软件所识别。或者点击Edit菜单中的Camera命令，将图像保存到剪贴板后在Word等文档编辑软件中粘贴； ②序列比较结果的导出；点击Project菜单中的Export MSF Format命令，将结果保存为.msf文件后，用GeneDoc打开进一步进行编辑和修饰。
三、Contig Express 该组件让您能够直接从测序仪或其它文件格式（如GenBank和Fasta等）中导入序列，并将这些阿序列片段拼接成一个长片段。在拼接的过程中可以显示测序图谱，可以自动去除载体序列及测序模糊序列。同时能在拼接的完成序列碱基的改动。
1．点击Project菜单中的Open命令，找到Demo Project文件夹中的DNA.cep文件。当然我们也可以导入自己的序列，方法是点Project菜单中的Add Fragments命令，在此可以导入各种格式的文件。
2．建立拼接策略：点击Assemble菜单中的Assembly Setup命令，出现Assembly Setup对话框，在此我们使用程序的默认值，不作改动。
3．使用Ctrl键将.abi文件全部选中，并点击Assemble菜单中的Assemble Selected Fragment命令，程序自从完成拼接并出现一个Contig1的图标。
4．双击Contig1图标，出现另一个窗口展示一个8片段拼接结果。
5．激活序列窗口后，点击View菜单中的Show All Chromatograms命令，就可以显示每个序列的测序图谱。
6．编辑图谱及序列：如果想改变图谱或序列上的某个碱基，就可以用框标点击该碱基，后输入新的碱基即可。同时，在图形窗口双击任一片段就可以打开一个新的窗口，在此窗口中可以对此序列进行直接的改变了。
7．拼接结果的导出：点击Edit菜单中的Select All命令选上拼接结果序列，在此点击Edit菜单，使用Copy命令该组件可以完成对DNA、RNA和氨基酸序列的各种理化特性的分析，实际上在DNAStar中有两个组件来分别完成对DNA/RNA和氨基酸序列的分析，其分析效果并不比BioPlot差，所以在此不再详述。将拼接结果复制出来。 四、BioPlot