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FCM在免疫学中应用：
HIA群体分析：
(1)HLA-B27： HLA-B27抗原阳性于强制性脊柱炎、Reiter，s综合症、反应性关节炎、炎刑肠炎病等一系列关节病有着不同程度的正相关。FCM运用HLA-B27特异性单抗检测抗原，其敏感性较传统的微量细胞毒试验大大提高。多参数的荧光测定使在特定的细胞亚群众分析HLA-B27成为可能。
(2) 移植配型及移植后免疫状态检测： 目前临床移植配行以血清学和细胞学为主。基因配型亦有发展。FCM移植配型的临床重要性在于抗体检测的特异，敏感性以及检测结果合移植结果的相关一致性。
FCM 在细胞生物学中的应用：
细胞周期分析：
原理:在细胞周期内,DNA含量随各时相发生周期性变化.通过荧光探针对细胞进行相对DNA含量测定,克分析细胞周期各时相的百分比,周期动力学参数及DNA异倍体.
FCM在血液学中的应用:
不同系列,不同分化阶段血细胞膜表面表达不同的分化抗原，故FCM免疫表型分析可为血液病的临床诊断和预后观测提供一个有效的工具。
白血病和淋巴瘤：
(1)免疫表型分析，提高亚型诊断水平。CD3、4、5、6、7、8、10、13、19、20、
22、33.
(2)白血病细胞免疫分型的特点,反映了其本质上与相应正常骨髓细胞的差异,白血病细胞上丧失了正常细胞的系列专一性和分化阶段规律性,此特点有利于鉴别诊断和残存白血病鉴别。
血小板疾病诊断：
（1）血小板膜糖蛋白异常所致疾病的诊断（包括先天性或获得性血小板疾病） Bernard-Soulier综合症（BSS），GPIB-IX，GPV缺陷（CD42B-42A） 血小板无力症：GPIIB-IIIA（CD41-CD61） 获得性血小板疾病：如免疫性血小板减少，真性红细胞增多症等
（2）评价活化血小板程度在血栓性疾病和血栓前状态发生发展中得作用。
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