[转帖]高速运转的基因组学来自安捷伦的自动化解决方案

自动化的力量——从想法到答案的捷径

基因组学研究正在发生划时代的变革。新技术的不断涌现使人们能够通过广泛使用的分析方法从越来越多的样品收集数据，包括：
? 基因表达谱分析
? 下一代测序技术
? RNA干扰和 siRNA 敲低（knockdown）筛选
? 比较基因组杂交（CGH）

收集这些越来越多的数据有相当的挑战性并且很耗时耗力，延长了获得最终答案所需的时间。由于实验规模不断扩大，以充分利用这些新方法新技术带来的优势，传统的手工方法正变得越来越不现实和没效率。安捷伦自动化解决方案将高通量、高样品体积的实验系统引入到基础基因组学研究实验室，开辟了数据探索的新领域，并缩短了从想法到答案的时间。
安捷伦自动化组合能增加平行反应的数量，大大缩短样品处理时间，增加每个研究人员能处理的样品数量，同时减少样品之间的差异。很重要的是它们操作简单。安捷伦自动化组合中的仪器的用户界面使用统一的、直观的、基于工作流程的VWorks自动化控制软件。

支持您的研究
除了经过验证的机器和兼容的耗材和配件，我们还提供您需要的专业知识，以确保您的工作得到最佳结果。正如我们所有的产品，安捷伦自动化解决方案都是由知识渊博的科学家作技术支持，他们可以为您的特殊应用提供针对性的支持和服务。

为您的研究插上翅膀——专为您的基因组学应用设计的解决方案

让下一代测序更快的获得结果
结合Bravo自动化液体处理平台或垂直移液工作站可以大大减少您准备和检查下一代测序库的质量所花费的时间，并通过减少样本间的差异提高了所得数据的精准度。安捷伦SureSelect靶标富集试剂盒和SureSelect人类全外显子靶向捕获试剂盒等采用了基于磁珠技术的靶标富集方法，通过使用自动化液体处理平台能很容易实施并能高度扩展。使用Bravo自动化液体处理平台进行下一代测序文库的自动化制备操作步骤也能在一些发表的文献中找到。¹

提高基因表达研究的重现性
RNA纯化流程的自动化可以提高您的基因表达研究的重现性，使您能够迅速检测多种条件下多个样本的基因表达。通过自动化操作，能够确保您的RNA样品纯净、完整、并具有高重复性。基因表达谱分析也可以使用下一代测序技术来完成。²

提高PCR 和 qPCR的精确度
任何需要进行频繁移液操作的分析方法都能很容易的转移到自动化平台上进行。安捷伦的自动化解决方案给您带来优异的精确度,特别有利于灵敏的定量实验，比如PCR和qPCR（表1）。

 
表1. 从胎儿的肺组织、HeLa细胞或胎儿的心脏组织提取的mRNA，使用安捷伦Mx3005P实时热循环仪（401514）来定量。RT-PCR反应通过手动操作或使用安捷伦Bravo自动化液体处理平台完成。低值表明自动操作和手动操作结果一样，但需要更少的手工操作时间。

优化功能基因组学转染条件
通过自动化，您现在可以在真核系统进行广泛的遗传筛查，自动进行小干扰RNA(siRNA)转染和细胞制备用于基因表达分析。以前因为需要优化的步骤很多，大规模的siRNAs筛选一直很困难。使用Bravo自动化液体处理平台，Thaker等人（2010年）3得以优化6种不同胶质瘤细胞系的siRNA筛选的转染条件，用以识别潜在的治疗靶点，开发胶质瘤的治疗方法。

更少的CGH、SNP和基因分型工作，更高的数据质量
通过自动化DNA分离和样品制备，增加了您的基因组DNA实验的样品体积和您的统计分析能力，同时减少手动操作时间。单核苷酸多态性分析、比较基因组杂交分析、拷贝数变异（CNV）分析等均能很容易地优化，而且无需牺牲您的数据质量（图1）。

图1. 手动和自动方法在比较基因组杂交样品制备中的比较。从五组样品的6次重复分析得到的DLRSpread图和信噪比图，显示出自动化操作比手动操作的高重复性和一致性。

反应设置和操作的自动化
安捷伦自动化解决方案——从模块自动化到流程自动化

液体处理
我们的自动化液体处理解决方案涵盖了科学研发领域的众多应用。其结合了世界领先的移液技术，提供精确、稳定的性能，以及我们一贯的可靠性。
Bravo自动化液体处理平台——拥有宽量程的高精度移液能力，以及适用不同类型微孔板的灵活性。独特的开放式设计，可以轻松地置于层流罩中，并获得了认证，易于整合到自动化工作流程中。
垂直移液工作站——设计非常紧凑，八台板的设计只占用了三块板的面积，在移液同时进行微孔板的替换，有效地缩短了工作流程时间。

微孔板操纵
安捷伦的微孔板操纵器、封膜机、膜穿孔机、离心机和贴标机的多种配置均具有出色的性能：可以单独使用，也可自由组合，甚至能够整合成桌面式工作站或者独立的自动化系统。

完整工作流程的自动化
为您定制的桌面式工作站或完整、独立的自动化系统使您能够灵活地将安捷伦自动化解决方案的任何模块和其他设备结合，如微孔板荧光检测器和培养箱，以便扩展您的整个工作流程。
BenchCel微孔板工作站——将安捷伦自动化解决方案中的仪器与各种读板器、洗板机和培养箱整合，实现您任何桌面式工作流程的自动化。BenchCel的灵活性使您能根据自己的特殊应用定制相应的配置——如RNAi、筛选酶、蛋白质、抗体、细胞、分液、读板、PCR样品制备/纯化、基因检测和细胞培养。
BioCel系统——这一超高效率、高通量、独立的微孔板自动化系统通过一个易于“定位”的直驱机械臂（DDR）实现。像BenchCel一样，BioCel是一个高度灵活的系统，可为您的特殊应用定制，能够集成不同的自动化解决方案模块或第三方仪器。

统一的软件操作平台
所有安捷伦自动化解决方案设备都由同一个软件系统管理，大大简化了用户操作程序（图2）。该软件直观的设计遵循您的工作流程，简化了由手动操作到自动化操作的转化，允许您根据需要设置试验。VWorks自动化控制软件灵活并可扩展，很好地兼容其它的模块和第三方设备，甚至内置了一个管理耗材的数据库。

 
图2. 整合多种设备, 轻松设置您的实验，更快速的获得试验结果。

参考文献
1.Lennon, N.J. et al. A scalable, fully automated process for construction of sequence-ready barcoded libraries for 454. Genome Biol 11, R15 (2010).
2.Morozova, O., Hirst, M. & Marra, M.A. Applications of new sequencing technologies for transcriptome analysis. Annu Rev Genomics Hum Genet 10, 135-151 (2009).
3.Thaker, N.G. et al. Designing, optimizing, and implementing high-throughput siRNA genomic screening with glioma cells for the discovery of survival genes and novel drug targets. J. Neurosci. Methods 185, 204-212 (2010).

? 安捷伦科技(中国)有限公司，2010