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胃肠道标本
大便和一些肛拭子送往实验室主要是用于引起感染性腹泻或食物中毒的病原学诊断。大便标本应该收集在干净容器中，容器带有密闭的盖，而且大便标本不能被尿液、餐钡和卫生纸污染。肛拭子应该插入含有改良Stuart’s培养基的试管中送检。
对于住院已超过3天的患者的大便标本应该拒收作常规培养，这已定为操作标准。研究资料表明这样的标本作常规培养已无价值。发生在住院期间的腹泻不会是由食物引起病原体感染；对于这种情况，建议作艰难梭菌毒素检查。
对于常规大便培养，接种所用培养基要能检测出沙门氏菌、志贺氏菌和弯曲菌属，这是起码要求。其中有鉴别培养基，如麦康凯琼脂，更多的还有HE琼脂、木糖-赖氨酸-脱氧胆酸盐琼脂，以及培养弯曲菌的培养基，如含10%羊血的弯曲菌琼脂。营养加强的肉汤培养基有助于提高沙门氏菌和志贺氏菌的检出，但是最好的用法是先在GN肉汤培养6—8小时或Selenite F肉汤培养12—18小时以避免正常菌群的过度生长，然后再转种至琼脂培养基。有特殊的营养加强肉汤有利于弯曲菌的培养；但是没有常规使用。培养检验沙门氏菌和志贺氏菌时，培养条件:大气环境、35℃、2d。培养弯曲菌时，培养条件:微需氧、42℃、3d。
特殊考虑的问题
由气单胞菌属、邻单胞菌属、弧菌属引起的胃肠炎在美国的大多数地区患病率都低，而对这些细菌的培养只有在有申请的情况下才作。虽然血琼脂有助于检测溶血的气单胞菌，常规培养肠道病原体的培养基已足以培养检出气单胞菌和邻单胞菌。选择性培养基也可用。弧菌属和小肠结肠炎耶尔森氏菌也可以生长在常规大便培养基上。但是，最好是用TCBS选择性培养基培养弧菌，用CIN琼脂培养小肠结肠炎耶尔森氏菌。
肠出血性大肠埃希氏菌
与小肠结肠炎有关的肠出血性大肠埃希氏菌在美国各地流行。有些地区发病率很低，实验室只有在有申请时才作培养。然而，1993年，国会和流行病学专家们建议对带血的大便标本常规培养要作肠出血性大肠埃希氏菌的培养。为了检测肠出血性大肠埃希氏菌，要将大便接种于山梨醇-麦康凯琼脂上，用以鉴别分离肠出血性大肠埃希氏菌，该菌不发酵山梨醇以此区别其它几乎所有大肠埃希氏菌。
艰难羧状芽胞杆菌
与艰难羧状芽胞杆菌有关的疾病有假膜性结肠炎和抗生素性腹泻，均由该菌产生的毒素引起，对此通过检测大便中的毒素作出诊断。检测细胞毒素的参考方法是细胞培养法。测定外毒素时，大便标本要离心2000хg，20min或10000хg 10min并用0.45μm滤孔的滤膜过滤。将过滤液经过一系列稀释，接种于人二倍体肺成纤维细胞单层上。另外，可以有许多EIA试剂商品用以检测大便标本中的毒素。EIA法不及细胞培养法敏感，但是它可以在短短几小时内出报告。还可用胶乳凝集实验，用以检测菌体产生的谷氨酸脱氢酶；但是此酶也非艰难羧状芽胞杆菌所特有，与其它菌属有交叉反应。
在进行流行病学调查时，大便标本和肛拭子应该放入厌氧运送系统中有利于厌氧培养分离艰难羧状芽胞杆菌。标本应接种于选择性培养基，如CCFA琼脂，并在厌氧环境培养48h。鉴定为艰难羧状芽胞杆菌后必须检测是否产毒素，以确定其与疾病是否有关联。
金黄色葡萄球菌和蜡样芽胞杆菌
从采集短期潜伏性食物中毒患者的大便或胃内容物检验时,应考虑到由金葡和腊样芽胞杆菌，其标本应作Gram染色；而且由于这两种菌平常都可存在于食物当中，所以必须作定量培养，用明胶缓冲稀释液将标本经一系列稀释后（10-1到10-5），将未稀释和每一步稀释的标本取0.1ml涂抹接种于含有多粘菌素E和奈啶酸或苯甲基乙醇phenylethyl alcohol的血琼脂。如果每克标本含有10 5CFU以上的金葡或腊样芽胞杆菌则具有潜在意义。
肉毒梭菌
食物性肉毒中毒和幼儿肉毒中毒的临床诊断可以通过检测粪便中的肉毒毒素、肉毒杆菌、或两样都检测来确诊。最理想的是，有25到50ml的大便标本、15到20ml的血清、以及采集可疑的食物标本。大多数检验科都没有适当地装备用以处理疑有肉毒中毒的临床标本。在美国一旦怀疑有肉毒中毒，就要立即通知CDC的调查人员以确保适当的诊断、治疗、以及对潜在爆发流行的可能性的调查。
分支杆菌
关于分支杆菌培养，送检大便标本通常是为了培养分离鸟分支杆菌的复合感染（最初感染为AIDS）。处理这种标本（1到2克成型便或5ml稀便）包括有去污染、离心、准备涂片、以及接种适当的培养基。送检胃抽吸物以检验吞咽的痰、偶尔会有胃抽吸物送检作培养，用于检验婴幼儿、儿童以及患有梗阻的病人吞咽的痰。采集这类标本要在早上进餐以前而且标本容器中要有碳酸钠以中和PH。
生殖道标本
生殖道标本送检以确定临床并发症的病因，包括女性的外阴道炎、细菌性阴道炎、生殖器溃疡、尿道炎、子宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、和卵巢脓肿以及男性的尿道炎、附睾炎、前列腺炎、生殖器溃疡。许多生殖道标本都被生殖道或皮肤表面的正常微生物污染；因此，微生物工作人员必须要能够鉴别正常微生物与潜在的病原体。有些病原体，如淋病奈瑟氏菌、沙眼衣原体、杜克雷嗜血杆菌是常见致病菌。而其它细菌如肠杆菌、金葡菌、及B群链球菌只有在某些临床表现时才视为致病菌。
任何抽吸物都要作Game染色直接镜检，其它生殖道标本作Gram染色只有少数情况下有帮助。例如，在男性的尿道分泌物的多核粒细胞中发现有G-双球菌就是对淋病有效的初步诊断。在Gram染色的阴道标本涂片中发现有乳酸杆菌与加德纳氏菌比例降低、类杆菌及细弯的Gram染色不定杆菌都有助于阴道炎的诊断。
阴道分泌物的湿片封固是快速简单确认细菌性阴道炎及外阴阴道炎的病因的方法。最好是在采集标本1到2小时内作湿片封固并检查。如果怀疑有毛滴虫，应该立即检查，因为滴虫会很快失去动力。作湿封片是将分泌物与盐水混合，取一部分涂于载玻片上，盖上盖玻片在低倍和高倍镜下镜检，找到‘线索细胞’即符合阴道炎的诊断；发现假菌丝即提示为念珠菌阴道炎；发现活动的滴虫即诊断为滴虫性阴道炎。另外有两项可与湿封片镜检结合进行的诊断实验是测定阴道PH和whiff试验。无感染和只有外阴道炎的妇女的阴道PH通常≤4.5，而患有细菌性或滴虫性阴道炎的阴道PH会≥4.5。Whiff试验阳性的（一旦将10%的KOH加入标本中就会产生刺鼻的鱼腥味）基本上可诊断为细菌性阴道炎，偶尔也会是滴虫性阴道炎。
根据临床要求直接暗视野下镜检或用DFA（CDC认可的试剂）检测组织和组织渗出物中的梅毒螺旋体。用暗视野时，应该在采集到标本20min内进行检查以保持其活力。此检测需要配备暗视野显微镜以及经过良好训练、经验丰富的人员，可根据菌体的疏密程度和规律性、以及其螺旋状运动的特点来识别梅毒螺旋体。另一方面，采用DFA法检测凉干的标本，包括组织、体液、分泌物、伤口渗出物，对于梅毒螺旋体检验其结果更具特异性。
EIA和DFA试验用于检测生殖器标本中的沙眼衣原体的试剂都可买得到。如果使用这些试剂盒，应该按说明书进行操作以及按其建议使用专门器具产品来采集标本。
核酸探针扩增技术已商品化用于检测子宫内标本和尿道标本的沙眼衣原体和淋病奈瑟氏菌，最近有一种组合探针测定法，Affirm VPIII型微生物鉴定试验（Becton Dickinson）,已经被采用于检测阴道分泌物中的假丝酵母菌属、阴道加德纳氏菌和阴道滴虫。使用免疫测定法，采集标本必须使用专门的产品，采集标本的用具用试剂厂商所推荐的。
选择理想的培养基和培养条件，要根据标本来源和感染部位潜在有可能致病的病原体来决定。组织和抽吸物应该接种于有利于苛养菌生长的培养基平板。来源于宫颈、阴道和尿道的标本在作培养和直接检测时，起码要考虑到淋病奈瑟氏菌和沙眼衣原体。培养是目前医学法定的唯一可以认可的诊断方法。最好的分离淋病奈瑟氏菌的途径就是接种选择性琼脂培养基，例如改良的TM培养基，床旁接种，在CO2环境下运送到实验室。或者可用拭子标本来代替（不能用棉拭子，因其可能有毒素损害菌体），拭子标本插入含有运送培养基的运送管在24小时内送到实验室。如果不能及时送到，拭子标本应该置于室温下，决不可冷藏。检验沙眼衣原体时，标本应该放入与前面相同的液体运送培养基中。要立即送检，在实验室采用shell vial 技术接种于细胞。
特殊考虑的问题
B群链球菌
对于产科阴道和会阴部标本分离培养和鉴定B群链球菌有十分重要的意义，因为这种菌可引起严重的脓毒血症和/或新生儿脑膜炎。美国CDC提出了最佳培养B群链球菌的方法步骤，应该予以遵守；采集阴道入口和直肠肛门拭子标本并接种于营养加强肉汤培养基中，例如LIM肉汤或可比较培养基（refer to chapter 17）。经35℃过夜培养后转种于血琼脂平板培养。
杜克雷氏嗜血杆菌
如果怀疑感染杜克雷氏嗜血杆菌，就要在溃疡基底部采集标本并置于室温待处理。用一份拭子作Gram染色。一旦发现有许多多形性的细小的Gram阴性杆菌和球杆菌，呈链状和团状排列，则提示有杜克雷氏嗜血杆菌。有必要使用营养丰富的培养基作培养，例如添加有IsoVitaleX(Becton Dickinson Microbiology System)的巧克力琼脂，以确定诊断。
放线菌属
放线菌属可以引起使用宫内避孕器的妇女患上盆腔炎，IUD送检作培养时应放在无菌液体培养基中并旋涡搅拌，此液体用于接种培养基。培养放线菌属应该在大气环境下培养14天。
下呼吸道标本
送检的下呼吸道标本主要是用于确定肺炎病因。最普通送检到实验室的呼吸道标本是痰，包括咳出的和诱导出的。此范畴的其它种类的标本有气管吸出物，transtracheal吸出物，支气管刷取物，支气管灌洗液和支气管肺泡灌洗液。
下呼吸道标本应该立即送往实验室；如果不能及时送检或及时处理，标本应该冷藏起来。通常情况下，咳出的痰和气管吸出物在处理之前都要在显微镜下筛选过，以确定是下呼吸道的分泌物还是唾液。此步骤是取标本的脓性部分，作一张Gram染色涂片在低倍镜下确定鳞状上皮细胞和/或中性粒细胞的数目，可以评估标本的质量。有一种简单的筛选方法只包括了对鳞状上皮细胞的评估：每低倍视野中的鳞状上皮细胞＞10时，表明该标本被唾液污染，因此不能用于作培养。这个标准实际上对中性粒细胞减少患者很有用，因为对其标本的审查不要求有中性粒细胞。对于用咳痰检验肺炎支原体、军团菌和分支杆菌时不一定要作筛选。
对于所有合格的下呼吸道标本都应该涂片作Gram染色，在油镜下观察有关的细菌的数目。任何细胞内的细菌都应报告。对于要作培养的，建议选择性培养基和非选择性培养基都用。此外还要接种一种用于分离嗜血杆菌的培养基。培养条件:35℃，含有5%CO2的环境。
特殊考虑的问题
支气管肺泡灌洗液和支气管刷检标本
对于支气管肺泡灌洗液和支气管刷检标本，怀疑为呼吸器相关性肺炎时，应考虑作定量培养以便对分离出的微生物的临床意义作出最佳评估。支气管刷检物，含有大约0.01到0.001ml的分泌物，将其采集后立即放入1ml的无菌盐水或肉汤中，并且立即送到实验室。在实验室用旋涡振荡器将其混匀；细胞离心，涂片作Gram染色直接镜检评估，用无菌微量吸管或标定接种环取0.01ml标本接种于适当的平板培养基。菌落计数大于1000/ml肉汤或盐水（相当于106 CFU/ml原始标本）表明与感染有关。在支气管肺泡灌洗时可以采集到10到100ml液体。取一部分标本送往实验室，作细胞离心涂片及Gram染色。染色报告应当包括描述细胞内是否有细菌。有几项研究表明，在＞7%的细胞内见到含有细菌就认为与呼吸器相关性肺炎有关联。将0.001ml X n倍的标本接种于琼脂培养基上，如果某一特殊细菌菌落计数大于10000/ml标本液体，则认为与肺炎相关。
军团菌属
军团菌引起社区性肺炎和医院获得性肺炎并非罕见.军团菌可以通过培养诊断、通过检测尿液中的抗原或血清学试验进行检测。一般来说培养比较受欢迎，培养可以检测军团菌属的所有种，不象其它的方法受到菌种或血清型的限制。在培养之前，标本应该在肉汤培养基中稀释10倍，例如用‘胰蛋白大豆胨’肉汤或无菌水稀释标本中的抑制性物质。因为军团菌生长缓慢，要从高污染的标本，如痰或气管抽吸物，分离军团菌，最好是在接种标本之前对其用酸进行去污染处理。标本用1：10的KCL-HCL缓冲液（PH2.2）稀释并在室温下孵化4min。重要的是孵化不得超过4min，因为军团菌在酸的作用下会慢慢失去活性。然后将标本接种到军团菌琼脂培养基（该培养基不含抗生素），该培养基应该培养于35℃、湿润环境下，至少5天。
肺炎支原体
肺炎支原体是引起非典型肺炎的主要病原体。因为肺炎支原体为苛养性而且生长很缓慢，决定性的诊断常常是基于血清学试验。当要求培养时，一般选择咽拭子；痰和其它呼吸道标本也可接受。标本采集后要立即放入含有蛋白质的运送培养基中，如白蛋白，青霉素可以用于减弱其它污染菌的生长。标本可以在运送培养基中，于4℃保存到48小时或-70℃冰冻更长一段时间。
洋葱假单胞菌
洋葱假单胞菌是患有囊性纤维化疾病患者重要的呼吸道致病菌。此菌在常规培养基中生长良好；但是选择性培养基，例如PC琼脂和OFPBL琼脂用以分离呼吸道分泌物中的洋葱假单胞菌效果会更佳。
衣原体
衣原体也是呼吸道的重要致病菌。沙眼衣原体可引起婴、幼儿的各种呼吸道疾病。肺炎衣原体可在所有年龄段致病，但是大多数严重患病的是幼儿和上了年纪的。鹦鹉热衣原体是动物的病原体但是偶尔也对人类致病。作支原体检验的标本应该放在一种培养基中（其中含有选择性抗生素），为了维持支原体的活性，标本应及时送往实验室，在实验室采用shell vial 技术接种于McCoy或buffalo green monkey 细胞。如果标本在48小时内不能及时处理，应将标本冷藏；如果更长的时间内不能处理，标本就得放入-70℃或更低温度。具体检验方法见有关章节。
奴卡氏菌
奴卡氏菌可以是重要的呼吸道致病菌。作培养的标本要立即送往实验室；但是短暂耽误时可放在4℃保存。标本直接涂片Gram染色镜下为精细、念珠状、Gram阳性菌、有分支、丝状或球杆状。奴卡氏菌具有部分抗酸性。培养奴卡氏菌没有特别的培养基；可生长在HBI沙保氏葡萄糖琼脂、羊血琼脂、或胰-豆胨琼脂。奴卡氏菌也可在分支杆菌的去污染处理中存活下来并在分支杆菌培养基中生长。对于污染严重的标本，如痰，推荐使用选择性BCYE琼脂（缓冲-活性炭-酵母粉琼脂）。培养于25—37℃，最好37℃，3周时间。
分支杆菌
要分离培养被污染的呼吸道标本中的分支杆菌，首先必须对标本进行去污染及浓缩处理。具体的一般使用去污染方法请参见相关内容。将标本离心涂片作一份抗酸染色找AFB。商品化的核酸扩增法可用于检测涂片AFB阳性的标本中的结核分支杆菌复合物。作培养时标本至少要接种于一份液体和固体培养基，培养至少6周，35℃，8% 的CO2环境。 | 
